Một số hài cốt đầu tiên của con người được tìm thấy ở châu Mỹ là người phụ nữ Luzia được tìm thấy ở khu vực Pedro Leopoldo, Minas Gerais và cung cấp bằng chứng về sự cư trú của con người từ cách đây ít nhất 11.000 năm.[3][4]

Khi các nhà thám hiểm Bồ Đào Nha đến Brasil, khu vực này có hàng trăm bộ lạc Jiquabu khác nhau, "sớm nhất từ cách đây ít nhất 10.000 năm ở vùng cao nguyên Minas Gerais ".[4] Niên đại về nguồn gốc của những cư dân đầu tiên được người Bồ Đào Nha gọi là "Người Ấn Độ" (índios), vẫn còn là vấn đề tranh chấp giữa các nhà khảo cổ. Đồ gốm sớm nhất từng được tìm thấy ở Tây bán cầu, có niên đại 8.000 năm tuổi, được khai quật ở lòng chảo Amazon ở Brasil, gần Santarém, cung cấp bằng chứng để lật ngược giả định rằng khu vực rừng nhiệt đới quá nghèo để hỗ trợ các nền văn hóa tiền sử phức tạp".[5] Quan điểm được chấp nhận rộng rãi nhất hiện nay của các nhà nhân chủng học, nhà ngôn ngữ học và nhà di truyền học là các bộ lạc đầu tiên là một phần của làn sóng thợ săn di cư đầu tiên đến châu Mỹ từ châu Á bằng đường bộ qua eo biển Bering hay theo các tuyến đường biển ven biển dọc theo Thái Bình Dương hoặc cả hai.

Andes và các dãy núi phía bắc Nam Mỹ đã tạo ra một ranh giới văn hóa khá sắc nét giữa các nền văn minh nông nghiệp định cư ở bờ biển phía tây và các bộ lạc bán du mục ở phía đông, những người không bao giờ phát triển các ghi chép bằng văn bản hoặc kiến trúc tượng đài vĩnh viễn. Vì lý do này, rất ít thông tin về lịch sử của Brasil trước 1500. Di tích khảo cổ (chủ yếu là đồ gốm) cho thấy một mô hình phức tạp về sự phát triển văn hóa khu vực, di cư nội bộ và các liên minh lớn giống như nhà nước.

Vào thời điểm người châu Âu phát hiện ra, lãnh thổ Brasil ngày nay có tới 2.000 bộ lạc. Các dân tộc bản địa chủ yếu là các bộ lạc bán du mục sống bằng nghề săn bắn, đánh cá, hái lượm và nông nghiệp du cư. Khi người Bồ Đào Nha đến năm 1500, người bản địa sống chủ yếu ở bờ biển và dọc theo sông lớn.

Chiến tranh bộ lạc, tập tục ăn thịt người và việc khai thác gỗ brasil nhằm sản xuất thuốc nhuộm đỏ quý giá đã thuyết phục người Bồ Đào Nha Kitô giáo hóa người bản địa. Nhưng người Bồ Đào Nha, giống như người Tây Ban Nha ở các lãnh thổ Nam Mỹ của họ đã mang theo bệnh tật đến, làm nhiều người bản địa chết vì thiếu khả năng miễn dịch. Sởi, đậu mùa, bệnh lao, lậu và cúm đã giết chết hàng chục ngàn người dân bản địa. Các căn bệnh lây lan nhanh chóng dọc theo các tuyến đường thương mại bản địa và toàn bộ các bộ lạc có khả năng bị tiêu diệt dù chưa bao giờ tiếp xúc trực tiếp với người châu Âu.

Văn hóa Marajoara

Văn hóa Marajoara phát triển rực rỡ trên đảo Marajó ở cửa sông Amazon.[6] Các nhà khảo cổ đã tìm thấy đồ gốm tinh xảo trong các cuộc khai quật trên đảo. Những mảnh này lớn và được vẽ công phu và được khắc hình thực vật và động vật. Chúng cung cấp bằng chứng đầu tiên rằng một xã hội phức tạp đã tồn tại trên Marajó. Bằng chứng về việc xây dựng nhà cửa trên gò cao cho thấy thêm rằng các khu định cư đông dân, phức tạp được phát triển trên hòn đảo này, vì chỉ những khu định cư như vậy mới được tin là có khả năng cho các dự án mở rộng như các công trình bằng đất lớn.[7]

Mức độ phức tạp và tương tác tài nguyên của văn hóa Marajoara vẫn còn gây tranh cãi. Làm việc từ những năm 1950 trong một số nghiên cứu ban đầu của cô, Betty Meggers người Mỹ cho rằng xã hội di cư từ Andes và định cư trên đảo. Nhiều nhà nghiên cứu tin rằng Andes đã được cư trú bởi những người di cư Paleo-indian từ Bắc Mỹ, những người dần dần di chuyển về phía nam sau khi là thợ săn ở vùng đồng bằng.

Vào những năm 1980, một nhà khảo cổ học người Mỹ khác là Anna Curtenius Roosevelt đã dẫn đầu các cuộc khai quật và khảo sát địa vật lý ở gò Teso dos Bichos. Cô kết luận rằng xã hội xây dựng nhà trên các gò bắt nguồn từ chính hòn đảo.[8]

Văn hóa Marajó thời tiền Colombo có thể đã phát triển sự phân tầng xã hội và hỗ trợ cho một dân số lên tới 100.000 người.[9] Người châu Mỹ bản địa ở rừng mưa Amazon có thể đã sử dụng phương pháp phát triển và làm việc của họ trên đất đen Amazon để làm cho vùng đất phù hợp với nền nông nghiệp quy mô lớn đủ để nuôi một dân số lớn và hình thành xã hội phức tạp như tù bang.[9]